A pusztítás pontos mértékét sajnos már lehetetlen rekonstruálni, de az 1844. évi leltár szerint a károk jelentékenyek lehettek. Páduai Szent Antal, Segítő Szűz Mária és a halászcéh mellékoltára annyira megrongálódott, hogy le kellett bontani. Az első nagy renoválásra az 1850-es éveket követően került sor, ezeket a munkákat is Hild irányította. Beolvasztott harangok Teljes átalakításra az 1867-es osztrák–magyar kiegyezést követően került sor, a templom egy 1889-es terv szerint neobarokk, neoreneszánsz stílusjegyeket kapott. A tornyokban lakó öt harangból az I. világháború alatt hármat olvasztottak be, de az összefogásnak köszönhetően 1925-re pótolták őket. 1938. pompás megújulás Az 1938-as eucharisztikus kongresszusra újabb renoválásra került sor, megtisztították a templom freskóit, az ornamentális díszeket újrafestették, a szobrok, mellékoltárok új aranyozást kaptak és a szószéket is felújították. A II. világháború alatt a front szó szerint átvonult a templomon, a szovjet hadsereg szállásként, főző-, sőt illemhelyként használta azt, ráadásul szinte teljesen kifosztották.
A JEZSUITÁK SZEGEDEN Jezsuita és egyéb nyomtatott könyvben, folyóiratban és újságban elég sok adat gyobb összefoglalást írt P. Petruch Antal SJ, majd pedig 1997-ben Péter László tanulmánya jelent meg az irodalmi és művészeti tanulmányok kiadásában. – Két főiskolai szakdolgozat is készült a Szent József templommal kapcsolatban: építészeti ill. vallási életéről. ÖSSZEFOGLALÓAN a XX. századi működés így tekinthető át: Az első 30 év. (1919 – 1950) NOVICIÁTUS Nagyszombatból jött 1919- 21-ig. (Első lakás Madách u 17) Majd Érdre távozik. Budapestről a Manréza elvétele után a nyári (jún. 10) elhurcolásig. FILOZÓFIA Pozsonyból jön ide 1920-ban (Sz. József Kollégium-Kálvária sugárút 1), majd Pestre távozik, hogy a nagy kollégium felépítése után újra visszatérjen. Innen megy Kassára, és a háború végén ide tér vissza 1949-5o-ig. TEOLÓGIA az 1930-as években indul, és az egyházmegyei szemináriummal kooperál 1950-ig. (Sz, Alajos Kollégium – 1940-től Kálvária sgt. 39) TERCIA 1936-ban itt működik a Kálvária sugárút 37 sz.